【FDTD】Lumerical 新手超好用的超表面仿真软件教程
超构表面(Metasurfaces)是由大量亚波长单元在二维平面上设计排布而成的人工结构阵列,能够对电磁波进行灵活调控。超构透镜(Metalens)是具有透镜功能的超构表面,其体积小、重量轻、易于集成,可实现对入射光振幅、相位、偏振等参量的精确控制。 超构表面与传统光学元件不同,超构表面的亚波长结构能与入射的电磁场相互作用,从而在表面引入光学参量的突变,打破了传统光学元件对传播光程的依赖性。因为这一性质,超构表面能够在亚波长的厚度范围内对光场的振幅、相位、偏振等特性施加灵活、大幅度的调制,所以超构表面为光场光谱、偏振、深度信息感知的微型化、集成化提供了新的机会。
【CADD】基于Gromacs的蛋白小分子动态模拟全过程
GROMACS入门学习及案例解析 :
(1)生成GROMACS所识别的结构坐标文件和拓扑文件
(2)建立盒子并真空中能量最小化
(3)添加溶剂及能量最小化
(4)体系离子平衡及能量最小化
(5)连续的NVT位置限定模拟
(6)连续的NPT位置限制模拟
(7)生产动力学模拟
(8)结果分析(生成RMSD、RMSF文件)
【CADD】Autodock 从软件安装到分子对接完整讲解
分子对接计算是在受体活性位点区域通过空间结构互补和能量最小化原则来搜寻配体与受体是否能产生相互作用以及它们之间的最佳结合模式。历史最早可追溯到Fisher于1894年提出的“锁钥模型",即药物与体内的蛋白质大分子即受体会发生类似钥匙与锁的识别关系,这种识别关系主要依赖两者的空间匹配。然而,这种说法有局限性,因为分子对接过程中,受体和配体是柔性的,即在结合过程中靶酶和底物的分子构象是变化的,不仅要满足空间的匹配,也要满足结合自由能的匹配。因此,1958年D.E.Koshland提出了“诱导契合”学说,核心内容为蛋白的活性位点通过与配体的相互作用而发生变化。实际上,“诱导契合”比“锁钥模型”更加准确。另一方面,计算机科学的发展进一步促成了分子对接的发展。