Pymol详细教程
强大的分子结构可视化软件
PyMOL适用于创作高品质的小分子或是生物大分子的三维结构图像。在所有正式发表的科学文献中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用PyMOL来制作。
PyMOL是少数可以用在结构生物学领域的开放源代码视觉化工具。
软件以Py+MOL命名：“Py”表示它是由一种计算机语言Python所衍生出来的，“MOL”表示它是用于显示分子结构的软件。
01
软件背景
读文献是科研人员日常生活不可分割的一部分。在一些文章中，我们可能看到类似上图这样赏心悦目的图片。比如全外显子测序捕获的突变位点展示，蛋白结合位点突变分析，以及蛋白结构和功能预测等等。
而大多数图形的编辑软件都是PyMOL。利用PyMOL能生成高质量可发表的分子结构图，也可以制作动画，动态展示分子的结构。由于PyMOL软件功能非常强大，本文仅对其基础功能做一些简单介绍。
02
功能概述
首先给大家展示一下Windows下的PyMOL。PyMOL提供命令行和鼠标两种操作方式。操作界面如下图：
PyMOL最基础的操作包括如下四项：
一、提供多种分子展现形式，如线状模型，棍状模型，球棍模型，点云模型，带状模型，卡通模型等等。
二、改变图片背景颜色，为了适应不同的杂志需求或者为了配合不同的展示方式，在PyMOL中我们可以非常方便的改变图片的背景颜色。
三、改变指定区域颜色,我们可以根据不同的二级结构，不同链甚至不同的原子对分子进行颜色设置。这样可以方便突出我们重点关注的结构域，链或者是某个原子。
四、设置标签。我们可以给关键的氨基酸加上标签，从而起到更清晰的指示作用。PyMOL默认会给所有原子加上标签，因此需要一些加工编辑才可以得到比较清晰简洁的标记方式。
03
使用细则
pymol是一款基于python语言的软件，所以在安装前需要先安装python为其创建运行环境。
一、pymol的下载与安装
1.下载与对应python版本的4个whl包，网址：
https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/
①numpy:numpy+mkl安装包：
numpy‑1.22.4+mkl‑cp39‑cp39‑win_amd64.whl
②Pymol-open-source：
pymol_launcher安装包：
pymol_launcher‑2.5‑cp39‑cp39‑win_amd64.whl
Pymol软件包：
pymol‑2.6.0a0‑cp39‑cp39‑win_amd64.whl或pymol‑2.5.0‑cp39‑cp39‑win_amd64.whl
Pmw安装包：
Pmw‑2.0.1‑py3‑none‑any.whl
2.安装pymol,将上述四个包放在python文件目录中,开始安装,用 #pip list 命令检查安装程序,在安装目录下找到pymol打开即可。
D:\python>pip install numpy-1.22.4+mkl-cp39-cp39-win_amd64.whl
D:\python>pip install Pmw 2.0.1-py3-none-any.whl
D:\python>pip install pymol-2.6.0a0-cp39-cp39-win_amd64. whl
D:\python>pip install pymol launcher 2.5-cp39-cp39-win_amd64.whl
此时安装完成的PyMOL版本为PyMOL1的界面，即菜单栏窗口和显示窗口为独立分离的两个窗口。虽然也可以使用，但更多功能是在PyMOL2中实现，且与官方版本相同。接下来，在命令行输入：
D:\python>pip install PyQt5
运行成功后重启PyMOL，界面即为PyMOL2界面。
二、常用命令
1.查看/切换工作路径：查看：pwd，切换：cd + 路径
2.设置背景颜色为白色：
bg_color white
3.保存图片：png filename.png 制作高清图片，制作完成后，输入ray命令，然后保存图片
4.设置label字体大小，label字体的大小默认是14pt：
set label_size,20
5.着色：color red,object name
6.cartoon模式:cartoon loop pymol内置了10种cartoon模式,如下图：
咨询服务热线：
010-56245524
百强院校名师 
实战落地课程 
持续跟踪辅导 
大量咨询案例 
